Obohacení studie vyžadují výpočet sekvenčních dat k určení úrovně pokrytí . To se děje především sekvenování genu laboratořemi , které vyžadují integrovanou přípravu vzorků DNA a pre- obohacování sdružování . Výpočet sekvenční pokrytí vyžaduje použití proměnných , které zahrnují sekvenční pokrytí střední , celkové cílené základy a účinnost obohacování . Provedení tohoto výpočtu se provádí vložením všech těchto proměnných do rovnice . Návod
Stránka 1
Napiš rovnici používanou pro výpočet střední sekvenční pokrytí. To bude vypadat požadované pokrytí děleno průměrným normalizovaným pokrytí. V případě, že požadované krytí je 10x a průměr normalizované pokrytí je 0,2 , pakprůměrná sekvenční pokrytí je 50.
2
Napiš rovnici používanou pro výpočet množství sekvenování . To bude vypadat ( celkem cílených bází ) (střední sekvenční pokrytí ) /( účinnost obohacení ) = množství sekvenování .
3
Zapojte 62MB pro „plné cílové základny “ a 0,65 pro “ obohacení účinnost . “ Přidat částku sekvenční pokrytí 50x arovnice bude vypadat (62) (50) /0.65 . Výsledek rovnice bude 4,8 GB sekvenčních údajů.